El objetivo de la Secretaría de Salud y Protección Social, es dirigir, vigilar y controlar el sistema general de seguridad social de salud en el Municipio, facilitando las condiciones que garanticen el acceso a los servicios de salud y la integración de la red de servicios bajo principios de eficiencia, efectividad, calidad, propiciando la promoción de la salud y la prevención de la enfermedad.

Son funciones de la Secretaría de Salud y Protección Social, las siguientes:

Formular, ejecutar y evaluar planes, programas y proyectos en salud, en armonía con las políticas y disposiciones del orden nacional y departamental.

1. Adoptar e implementar las líneas de política de promoción de la salud y la calidad de vida, prevención de riesgos, recuperación y superación de los daños en la salud, vigilancia en salud y gestión del conocimiento integral para el desarrollo operativo y funcional del Plan de Salud Territorial.
2. Dirigir, planificar, coordinar y ejecutar las políticas para el mejoramiento de la situación de salud de la población del municipio, mediante acciones en salud pública, prestación de servicios de salud y dirección del Sistema General de Seguridad Social en Salud (SGSSS), como también la de disminuir las inequidades territoriales en salud.
3. Dirigir, planificar, coordinar y ejecutar las políticas para el mejoramiento de la situación de salud, mediante acciones de promoción de la salud, prevención de riesgos y atención de las poblaciones especiales (población en situación de desplazamiento, población en situación de discapacidad, adultos mayores, mujeres gestantes, población indígena, población infantil, adolescente y joven).

1. Elaborar, ejecutar, realizar seguimiento, evaluación y control al Plan de Salud Territorial y las acciones que integran el Plan de Salud Pública de Intervenciones Colectivas de obligatorio cumplimiento a cargo de la entidad territorial.
2. Vigilar y controlar el cumplimiento de las políticas y normas técnicas, científicas y administrativas que expida el Ministerio de Salud y Protección Social, para garantizar el logro de las metas del sector salud y del SGSSS, sin perjuicio de las funciones de inspección, vigilancia y control atribuidas a las demás autoridades competentes.

7. Promocionar la calidad de vida y la salud como componente del bienestar, la seguridad y desarrollo integral de la población del municipio, a través de la operativización, evaluación, vigilancia y control del Sistema General de Seguridad Social en Salud y de los factores que inciden sobre la salud pública de acuerdo con las competencias.
8. Gestionar el recaudo y ejecución de los recursos con destinación específica para salud del municipio y administrar los recursos del Fondo Local de Salud.
9. Impulsar mecanismos para la adecuada participación social y el ejercicio pleno de los deberes y derechos de los ciudadanos en materia de salud y de seguridad social en salud.
10. Promover en su jurisdicción la afiliación al Régimen Contributivo del Sistema General de Seguridad Social en Salud de las personas con capacidad de pago y al Régimen Subsidiado a las personas sin capacidad de pago.
11. Formular y ejecutar el Plan Territorial de Salud y coordinar con los sectores y la comunidad las acciones que en Salud Pública se realicen para mejorar las condiciones de calidad de vida y salud de la población.
12. Coordinar, supervisar y controlar las acciones de Salud Pública que realicen en su jurisdicción las Entidades Promotoras de Salud-EPS, las Empresas Promotoras de Salud del Régimen Subsidiado –EPS-S, las entidades transformadas y adaptadas y aquellas que hacen parte de los regímenes especiales, así como las Instituciones Prestadoras de Salud-IPS e instituciones relacionadas.
13. Promover la coordinación de políticas con otros sectores, en particular las Secretarías de Participación e Inclusión Social, Vivienda, Educación, Cultura, Gobierno, Convivencia Ciudadana, Desarrollo, Planeación y Medio Ambiente, y con las entidades descentralizadas, a fin de incidir de manera integral en los determinantes de la salud y en la atención de la enfermedad.
14. Implementar programas de promoción social, tales como, entornos saludables, participación social, discapacidad, desplazamiento, adulto mayor, constitución de redes, formación para el trabajo.
15. Implementar programas de prevención del consumo del alcohol, el tabaco y otras drogas y de rehabilitación y desintoxicación. 
16. Adoptar, implantar, ejecutar, difundir y evaluar en el ámbito Municipal las normas, políticas, estrategias, planes, programas y proyectos del sector salud y del SGSSS, y realizar la coordinación necesaria para lograr su mejor funcionamiento, particularmente en la prestación de los servicios de salud.
17. Dirigir la Red de Urgencias Municipal y coordinar con las instancias correspondientes la atención en salud en situaciones de emergencias y/o desastres en el Municipio, así como la vigilancia y el control epidemiológico.
18. Realizar acciones de promoción de la salud y prevención de la enfermedad, vigilancia en salud pública y control de los factores de riesgo dirigidos a la población de Itagüí atendiendo los lineamientos establecidos en el Plan Nacional de Salud Pública.
19. Realizar las labores de inspección, vigilancia y control de las instituciones que presten servicios de salud, llevar su registro y cuando se encuentren anomalías aplicar las medidas preventivas y correctivas previstas en la ley y verificar su cumplimiento.
20. Cumplir y hacer cumplir en el Municipio, en lo de su competencia las normas de orden sanitario previstas en la Ley 9ª de 1979 y su reglamentación o las que la modifiquen, adicionen o sustituyan.
21. Vigilar la calidad del agua para consumo humano; la recolección, transporte y disposición final de residuos sólidos; manejo y disposición final de radiaciones ionizantes, excretas, residuos líquidos y aguas servidas; así como la calidad del aire.
22. Financiar con los recursos asignados por concepto de participaciones, rentas cedidas y cuando lo considere pertinente con recursos propios, la prestación de servicios de salud a la población pobre y los servicios de salud mental.
23. Adoptar, implantar y ejecutar proyectos de Protección Social para la Superación de la Pobreza Extrema.
24. Dirigir, planificar, coordinar y ejecutar programas y proyectos para mejorar la seguridad alimentaria y nutricional, en especial de los más vulnerables.

25. Rendir los informes periódicos de gestión que se le soliciten por el Alcalde y dependencias al interior de la administración municipal y demás autoridades competentes.

Las demás que le sean asignadas y que correspondan a la naturaleza de los procesos de la dependencia o que le sean asignadas por la ley o autoridad competente.